盐城市卫生监督所为依照公务员制度管理、副处级建制的事业单位，受市卫生局委托，行使卫生行政综合执法职能。内设8个科室和1个开发区分所。各科室的主要职能为：办公室负责行政、党务、精神文明、人事、劳资、财务、档案、图书、车辆、总务后勤等管理工作；综合业务（稽查）科负责各项业务工作的组织、协调、管理、督办、考核，卫生监督执法稽查和受理投诉举报并组织查处、督办和反馈等工作；卫生许可审查科主要负责卫生行政许可的受理、审查和出证等工作；政策法规（宣传培训）科负责卫生行政案件查处、宣传培训、从业人员培训等工作；卫生监督一科牵头负责食品及饮用水卫生监督监测；卫生监督二科牵头负责公共场所单位及校园内食品卫生监督监测；卫生监督三科负责医疗机构、采供血机构、幼托机构、消杀产品卫生质量以及传染病防治监督监测；卫生监督四科负责职业卫生、放射卫生监督监测；开发区分所承担开发区境内卫生监督监测综合管理职能。
该所成立以来，在市委、市政府和市卫生局的正确领导以及社会各有关部门的关心支持下，始终坚持以“三个代表”重要思想和科学发展观为指导，以“为人民健康服务，为经济发展服务，为构建和谐社会服务”为宗旨，以“依法行政，文明执法，遵纪守法”为要求，大力弘扬“与时俱进，创新创业”的精神，实现了“三个文明协调发展，两个效益同步提高”的奋斗目标，先后被市委、市政府表彰为“抗击非典先进集体”、“打假工作先进集体”等，并获得省文明单位、市文明标兵单位等一系列殊荣。
加强行风职业道德建设、树立卫生监督机构新形象是该所常抓不懈的工作，在向社会作出公开承诺、主动接受社会监督的同时，主动加强内部管理，使该项工作取得了长足进展。全所干部职工热忱欢迎社会各界继续给予关心支持与监督指导。